A estrutura organizacional do CiTUR tem seis Linhas Temáticas de Investigação:
1. Economia e Gestão do Turismo;
2. Turismo, Hospitalidade e Restauração;
3. e-Turismo;
4. Território e Destinos Turísticos;
5. Planeamento e Gestão de Produtos Turísticos e da Animação;
6. Turismo, Cultura, Sociedade e Linguagem.
O CiTUR Leiria assume as seguintes Atividades Autónomas:
- Núcleo de Investigação em Surfing e Sustentabilidade das Áreas Costeiras (NIS)
- Núcleo de Investigação em Hospitality Management (RHYTHM)
- Núcleo de Investigação de Destinos Turísticos (NID)
- Núcleo de Investigação em Branding e Promoção Digital no Turismo (BRANNDiT)